小分子是分子量小于500的分子。小分子一般为简单的单体物质。
从化学的角度上说，小分子通常是指分子量小于1000道尔顿（尤其小于400道尔顿小分子）的生物功能分子；从生物角度上说，小分子就是具有生物活性的小肽、寡肽、寡糖、寡核苷酸、维生素、矿物质、植物次生代谢产物及其降解产物如苷元、黄胴元、甙元、生物碱等。
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