施工企业的实际税负很可能会增加
建筑材料来源方式较多，增值税进项税额抵扣难度大。由于建筑工程承包方式和承包范围的不同，有的工程项目材料、设备全部由施工企业自行采购，能取得的进项税额发票多些；而有的工程项目，主要材料或大宗材料由甲方（建设单位）采购，调拨给施工企业使用，施工企业仅采购一些辅助材料或零星材料，这样施工企业可取得的进项税额就少，实际税负明显偏高。另外，施工企业承建的工程项目比较分散，很多工程所处地域比较偏僻，所面对的材料供应商及材料种类“散、杂、小”，如砖瓦、白灰、砂石、土方及零星材料基本上由个体户、杂货店、小规模纳税人供应，购买的材料没有发票或者取得的发票不是增值税专用发票。由于发票管理难度大，材料进项税额无法正常抵扣，使建筑业实际税负加大。
商品混凝土等材料增加税负
根据《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税〔2009〕9号）规定，一般纳税人销售自产的下列货物，可选择按照简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税：①建筑用和生产建筑材料所用的砂、土、石料；②以自己采掘的砂、土、石料或其他矿物连续生产的砖、瓦、石灰（不含黏土实心砖、瓦）；③自来水；④商品混凝土（仅限于以水泥为原料生产的水泥混凝土）。
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以上所列货物，都是工程项目的主要材料，在工程造价中所占比重较大。假设施工企业购入以上材料都能取得正规增值税发票，可抵扣的进项税率为6%，而建筑业增值税销项税率为11%，施工企业购入的以上材料必将增加5%的纳税成本，从而加大建筑业实际税负，挤占利润空间。
建筑劳务费增加税负
建筑工程人工费占工程总造价的20%～30%，而劳务用工主要来源于成建制的建筑劳务公司及零散的农民工。建筑劳务公司作为建筑业的一部分，为施工企业提供专业的建筑劳务，取得劳务收入按11%计征增值税销项税，却没有进项税额可抵扣，与原3%营业税率相比，增加了8%的税负。劳务公司作为微利企业，承受不了这么重的税负，势必走向破产，或将税负转嫁到施工企业。另外，农民工提供零星劳务产生的人工费，也没有增值税发票，无可抵扣的进项税额，势必加大建筑施工企业人工费的税负。
动产租赁业增加建筑业税负
新的税改方案中，动产租赁业增值税率为17%，与建筑业密不可分的机械设备、设施料租赁均属于动产租赁业范畴，税制改革对租赁业的生存和发展是一种挑战。租赁业现有资产没有增值税进项税，而租赁收入产生的销项税，因没有可抵扣税款，将背负17%的高额增值税税负。目前租赁业利润率普遍低于增值税率（17%），租赁企业显然无利可图，必然放弃增值税一般纳税人资格，转为小规模纳税人或个体户，只缴纳3%的增值税。一旦租赁业转为小规模纳税人，施工企业可抵扣的进项税额将势必减少，从而加大施工企业实际纳税额，增加建筑业税负。
发票的收集和认证工作难度大
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