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晋虽然偏安于江南，但在历代帝王在位的时候都希望收复北方的国土。东晋王朝（公元317年—公元420年）是由西晋王室后裔在南方建立起来的小朝廷，虽然在今天我们将其作为一个朝代写进中国的古代历史，但事实上东晋的统治范围却仅限于江南的半壁河山，在此期间，中国北方一直由赵、前秦等外族统治者控制，并且这种局面一直持续了两个时代——东晋、南北朝——近三百年的时间。
公元三一六年，西晋的末代皇帝司马邺被俘，宣告了西晋的灭亡，但一些晋朝的旧臣并不甘心亡国的命运，仍在全国各地积极活动，准备恢复晋朝的统治。三一七年，琅琊王司马睿在南渡过江的中原氏族与江南氏族的拥护下，在建康称帝，国号仍为晋，司马睿是为晋元帝，因其继西晋之后偏安于江南，故史家称之为东晋。
由于东晋王朝的统治阶层大部分是由过江避难的中原名门望族与江南的土居氏族组成的，存在着地域、文化等方面的差异，他们之间一直相互排挤；在东晋统治的一百多年中，中原氏族占据统治的主导地位，而南方土居氏族则一直被排斥。元帝年间，北方大臣王导希望改变这种状况，他在南北氏族之间奔走，极力劝说各族修好，但收效甚微。后来江南氏族也曾多次因不满东晋的统治而起来反抗，大大的动摇了东晋的统治。
自晋元帝元年（公元317年）至晋安帝隆安三年（公元399年），是东晋发展比较平稳的时期，虽然在此之间也有过一些叛乱，但都被镇压下去了。元帝末年，王导之弟王敦起兵反晋，遭到其兄王导与朝臣的抵抗而未能成功；其后桓温也曾觊觎帝位，又被王谢两大家族抵制下去。公元三八五年，东晋重臣谢安病死，晋孝武帝将大权交于其弟司马道子，司马道子与其子司马元显把持朝政，他们暴虐无能、大肆剥削人民，使图谋王位的大族有机可乘。 公元三九八年，以桓玄为盟主的王恭、殷仲堪、瘐楷等人的联军占据了建康以西的州郡，使朝廷的统治被限制在东方的八郡内，开始了其衰亡的过程。
安帝隆安三年（公元399年）。信奉五斗米教的孙恩趁民心骚动，于东方起事。他们在短短的十几天中就发展到数十万人，后被晋将谢琰、刘牢之击溃逃至海岛之上，直至公元四零二年，才被彻底消灭。这次起义大大削弱了晋朝的力量，桓玄便借此机会发兵攻占建康，废掉晋安帝，自立为帝。此时晋朝的四大家族中的谢、王、瘐三家已相继衰落，唯一有实力与桓玄对抗的只有在对抗孙恩起义时才发展起来的实力人物——刘裕。 于是，刘裕率众击败桓玄，推恭帝司马德文即位，名义上恢复了晋王朝的统治，但实权却完全掌握在刘裕自己手中。公元四二零年，刘裕废晋恭帝，建立了宋国，结束了东晋的统治
其中以王、谢、桓、庾四大家族为主的北伐，在东晋时曾进行过多次，在其中也不乏名将的指挥。公元三一三年，大将祖逖出兵,至公元三二一年左右收复河北，但后因受到朝廷的排斥忧郁而死，最终未能完成统一大业。公元三八三年，谢安在淝水之战中击败苻坚后，立即使其弟进军北方，收复了徐、兖、青、司、豫、梁六州，取得了东晋北伐历史上的第一次重大胜利。由于东晋安于江南，使得江南的名士与渡江的中原人士有了更多的交流机会，促进了社会文化的发展。北方的手工业技术与南方的技术相互融合，使东晋的手工业水平比西晋有了大幅度的提高。另外，自曹魏以来，中国的文学发展一直处于大步前进的时期，其中以东晋年间的文人最为著名。东晋出现了山水诗人谢灵运、田园诗人陶渊明等人，他们对旧体诗作出改革，为将来隋、唐的诗文盛世创造了前提条件。
当东晋在江南建国的同时，中国的北方则为鲜卑、羌等少数民族控制着，在历史称之为“五胡十六国”。由于少数民族的入主中原，使他们更多的接触到华夏文化，使之与汉民族逐渐发展为同一生活习惯的民族，进而被汉族融合。自魏、晋、南北朝之后，中原北方大体已形成以汉族为主，其他少数民族混居的人口构成形式，使中国正式成为具有相似生活习惯的多民族国家。
东晋自晋元帝司马睿建国共历十一帝，前后一百零三年。在此期间，中国一直处于分裂状态，而且到东晋灭亡之后，这种状态一直未能得到改变，随之到来的是另一个分裂时期——南北朝时期。
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