脑干胶质瘤的发病原因目前没有很明确的解释，多认为是多种因素共同作用的结果，也就是通过各种因素作用于细胞而产生基因突变，此时就可能形成脑干胶质瘤。但基因突变也可转化成其他肿瘤形式，所以一定要根据情况判断。
像不良的高危因素，比如遗传因素或者是污染的空气、水质以及食物等，或者电离辐射，比如长期使用手机、长期被不明的射线照射，有时也可因为感染性质因素，比如怀孕期间受到病毒感染也可诱发，不良生活习惯如抽烟、饮酒等也可导致，所以并没有明确的致病因素。
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