院下设有中药生药研究所、中药种植研究所、中药化学研究所车、中药药理研究所、中药制剂研查丝千名日第龙问吗周究所、应用开发研究室、实验动物研究所、冬虫夏草研究所等11个业务研究室以及党委综合办公室、院办公室、科研处、财务处等9个行政后勤部门，另有制药厂、保健食品厂、医药科技开发公司、中藏药业公司等产业实体。建有国家中医药管理局“国家中药新药开发研究中心”和省级“医学实验动物饲养繁殖中心”两个重点实验室。“中药鉴定学”、“中药生药学”学科为“国家中医药管理局国家重点学科”；“濒危药材繁育国家重点工程实验室（发改委）”、“重庆市药物安全评价中心（GLP）”、“重庆市中药质量评价技术平台（市科委）”、“重庆市中药良种选育与评价工程技术研究中心（市科委）”等国家级、省市级科研平台10余个及国内最大的中药标本馆。
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