问题补充说明:名词解释
Tm值就来自是DNA熔解温度360问答,指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度。不同序列的DN故树村久程督A,Tm值不同。DNA中G-C含量越高,Tm值越高,成正比关系。
核酸Tm值(解链温度)计算
评价标准是核酸所吸收的光线量达到其所增加吸收260nm对美县光线的量的两倍达到的温度,
务进整国思持连当核酸达到Tm值时,其260nm吸收量可增加百分之四十(紫外吸收量随解体程度而增加,直至完全解体。
长度为2活冲酸别谁然本原前极5mer以下的引物,Tm计算公式为:Tm=4℃(G+C)+2℃(A+T)
对于更长上势扩久高声需的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:
Tm=81.5+16.6xLog10收克陆径城皮跑突台星接[Na+]+0.41(%GC)–600/size
公式中,Size=引物长度。
多种因素影响杂交的DNA的两条链之间的效率。这些包括杂交分子(DNA或RNA),其长度的性质,杂交环境(盐浓度和变性剂),探针浓度,并且它们的序列。
为膜结合的目标和中等长度的DNA探针,豪利等确定的融解温度(Tm),在该探源价左之针的50%进行退火以它的互补链被定义为:
TM=81.5+16.6logM+41(%G+%C)-500/L-0.62F
其中
M=摩尔一价阳离子的浓度
%XG或C=G和C核苷酸的各馏分中即入打茶酸督目另既的探针
L=长度退火的阿石产物
F=摩尔甲酰胺浓度
例如,与序列AGGTCA陈固师格马TTG短寡核苷酸探针在75mM的溶液未经甲酰胺翻岁求培明觉具有预测的Tm=81治山周学乡告无外原穿用.5+16.6log(0.075)+41(0.33±0.11)-9分之5够班完表00-0.62(0)
=24.1℃,
这个方程是不适合的探针小于约50个核苷酸帮有差管过影氢化派感。这个等式的修饰包括
RNA的TM=79.8+18.5logM+58.4(%G+%C)11.8(%G+%C)2-820/L-0.35F
一种RNA-DNA杂交=79.8+18.5logM+58.4(%G+%C)11.8(%G+%C)2-820/L-0.50F的TM
较大的数字反映元材季件举线了RNA形成杂交的稳定性增加。
对于寡核象行测联色棉心相实苷酸,华莱士等确定
TD=2(A+T)4(C+G),其中TD=温度(℃),其中所述寡核苷酸的50%被退火到其膜结合的互补序列。在探头的每例策备持古矿积个特定核苷酸的数目被插入方程代替字母。该方程是在0.9M氯化钠短(14-20聚体)是有用的。
例如:对于序列AGGTCATT入标G,在TD=2(2+3),4(1+3)=26°C
当目标和探头都是免费的溶液中,加入7-8℃,到TD。
熔融温度在溶液中通过绘制OD相对于温度来确定。S形曲线的中间点是熔融温度。
熔点的其他估计基于近邻分析(由Genosys5审查)已被确定为DNA3或RNA4。布雷斯劳尔,等[3]发现,熔化DNA双链的行为是其一级序列可预测的。
在这里,
TM=1000(DH)/[A+DS)+喉返神经(CT/4)]-273.15+16.6log(钠离子)。
其中
DH=的近邻焓变的和移动的一个基站在同一时间,通过序列
A=校正配对的起始(=-10.8)
DS=最近邻熵的变化的总和
R=1.987卡度-1摩尔-1)
克拉是链的摩尔浓度。
自我互补链,术语“CT/4”被替换为衣原体。
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