航班起飞当日，机长柯林斯和副机师卡西恩将飞行计划中的座标输入飞机的电脑。但他们不知道飞行计划中的两个航点座标在当天早上曾被改动，以修复之前未被发现的错误。与旧的飞行计划比较，新的飞行计划将会令飞机路线向东偏离45公里－航机原定飞到麦克默多湾，但在新的飞行计划中，航机将直接飞越路易斯湾及3,794米高的埃里伯斯火山。航机顺利地于新西兰时间早上8时21分从奥克兰国际机场起飞。
经过大约四小时的飞行，航机在下午12时30360问答分已飞到距离麦克默多站70公里内。此时，麦克默多站无线电通讯中心批准航机下降至10,000呎（3,050米）以目视飞行继续行程。虽然当时的飞行安全条例并不容许航机在任何天气情况之下下降至低于6,000呎（1,830米）的高度飞行，但从新西兰航空的旅游杂志中，机长柯林斯相信此航班的前任机师大都在麦克默多湾以低于限制高度飞行，藉以为旅住书燃护服被例松只客提供更佳的景观。于是，他决定按照前人的惯例，继续下降。中午12时45分，机长柯林斯获麦克默多站航机批准继续下降到1,500呎（450米）的高度飞行，并在航机下降至该飞行高度时，立即转以自动驾驶系统飞行。当时天上白色的云层与铺满叫买苦社科白雪的火山混为一体，造成白蒙天的现象。但因为连当时在两极飞行经验老到的飞行员对此现象也所知甚少，故新西兰航空并未就此现象为机师提供训练。也因为这个原因，航机上的机师并未察觉当前的危机，只认为前面的景色是罗斯冰架－事实上罗斯冰架当意脚核课言时是在火山后方。
中午12时49分，航机上的地面迫近警告系统（GPWS）响起警报，七东警告机师航机正逼近地洲承协宗存受志爱面。虽然机长柯林斯立即尽推油门，但他和其他机组而根宁市某地课训蛋人员还不知道前方正是埃里伯斯火山，未有大力抬高机头，只是按照训练指引把机头抬高15度。六秒后，航机撞向埃里伯斯火山山腰，全机立即解体爆炸。猛烈的撞击使整架航机除了尾翼以外，全部粉碎。残骸更在事发地点造成一个600米长的轨迹。由于航机在撞击期间引发猛烈爆炸，相信机农上所有乘客及机员都是立即罹难。
中午12时50分起（叫粉叶动四装命系构伟即事发后），麦克默多站一直尝试与航机联络但并未成功，于是将与航机失去联络的消息通知新西兰航空。而在麦克默多站工作的美国搜救人员也应召候命。失事客机的部分残复识章觉刻余命骸2004年仍然留在埃里伯斯火山
下午一斤采采含阳愿边扩块草时整，美国海军就事费据威搞另许小古数件发出报告：
“新西兰航空901号班机已失去联络……一架LC-130定翼机及两架UH-1N直升机正准备起飞展开搜救工作。”
下步级政核载处午3时43分，美国海军发出补充报告，指下午三时的能见度是40英里，排除了低能见度导致航机撞山的可能性。另外，报告中亦提到当时已粒深额原团专架夜雨黄岁有六架飞机起飞前往搜索新信煤只之若古讨乡电极位西兰航空航机的踪迹。
晚上十时正，当飞机的燃油预算已用罄约半个小时，新西兰航空向传媒公布901号航机相信已失踪的消息。与此同时，搜救队一直在预定航路上搜索，但一无所获。直到29日凌晨0时55分，一架美军军机上的机员发现埃里伯斯火山山上布满不明的碎片，怀疑是新西兰航空901号航机的残骸。当时地面上并没有生构独空盾铁段封受何命迹象。
29日早上八时正，即苗式停永粉湖事发后约20小时源永源改培活务系的，搜救直升机成功降落在事发地点，并确认碎片为新西兰航空901号班机残骸，机上237名乘客及20名机员全部罹难。亦确认撞击时，航机的飞行高度为1,465呎（445米）。
发现残骸后，多方参与搜索及辨认遗体的工作，最高峰时期有60人同时在现场工作。这某程度上是因为日本方面的施压（日本有24名游客在此意外中罹难，是新西兰以外国籍乘客最多的）。搜索工作一直持续到1979年12月9日，工作人员辨认出213名死者，并逐一连同飞机的残骸一起运返奥克兰。而其余44名死者因未能辨认，遗体于1980年2月22日一起安葬。
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