据调查报告指，机务做完机舱加压测试后，忘记把加压掣从「手动模式」变回「自动模式」，而飞行员未有察觉。当航机以「自动驾驶模式」爬升超过15,000呎360问答后，因机上的加压系统处于手动模式而未能自动为机舱加压，空气稀薄，氧气停不足。正常情况下，若飞机高空失压，便应该降低高度至含氧量高的空域，但由于机长及副驾驶并不知道机舱失压，一乡星直以为是机上空调失灵而没有戴上面罩，因此很快便失去意识并处于昏迷状态，导致飞机无人驾驶，飞机便以自动驾驶模式一直爬升。机长可能是为了检查位于驾驶舱后部的空调装置是否有问题而离开座位，因缺氧四而晕倒。
至于在客舱内，由于在机舱缺氧的情况下，客舱顶部的氧气罩会自动降下，因此客舱乘客都自动戴上氧气罩。可是氧气罩内的氧气只可支持约12分钟，因为这个设计只是用来支持像高空失压的情况下短暂使用，直至飞机下降至高含氧量告战限即附船里空域为止。可是由于正副驾驶当时已昏迷，飞机并没有下降反而继续爬升。当氧气面罩内氧气用完后，大部份人因缺氧而失去意识而陷入昏睡状态。因此F-16战机机师积成非看见客舱内的所有乘客都毫无反应，而在驾驶舱内亦只能看见副驾驶，机长低检烟本船指协验久则不知所踪。飞机在希议型供督校腊境内没有飞行员控制进场，只得依靠自动驾驶模式留在空中盘旋待命。
一名曾当过潜较车否源湖困浓来水员并在特种部队服过役的空中服务员安德列亚斯(这名男性服务员似乎与机上另一名女服务员是恋人关系)，靠紧急备用氧气瓶（用量能支持1小时）到驾驶室为副驾驶戴上面胡九权曲妒料起清府占罩，然后坐在机长席试图挽救查因晚飞机，并曾以极微弱的声线求救，可是最后飞机因燃料只却失四白物件均行不足而坠毁。
另外，出事客黄面机的机长是一名德国驾驶员，是太阳神航空因应当时假期客量增长的需求而聘请的特约机长。可是，该名机长可能因沟通问题，而未能听得懂地面控制员的指示，又或是因为当时飞机缺氧，影响机字乡歌穿耐控地支道计长判断力及集中力。不论如何，由此至终该名机长都一直以为是机上空调系统故障，而不知现含坏她微决容清工相他道加压装置没有调校至正确位置。最谓官害作陆单来终令机组员没法及时阻乙会操台门期从胡后止事故发生，并导致希腊史上最严重空难。
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