在前作（新剧场版：破）结尾，EVA初号机迎来疑似神化第一形态的觉醒，而第三次冲击的前兆随之呈现。此后过了14年，世界乃至人类社会格局发生翻天覆地的变化。以葛城美里为首的一众旧NERV成员高树反旗，组成了旨在防止新一轮的灾难、推翻Seele和NERV的组织Wille。
隶属Wille的明日香和玛丽分别驾驶着二号机（改）和八号机展开了"US作战"，最终成功夺回了被NERV封印在卫星轨道上的初号机。
在Wille控制的一艘战舰上的隔离设施内，沉睡...
战舰上，尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。从众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化，明日香告诉他，EVA的驾驶者受到EVA的诅咒，是永不会变化的。
此外真嗣又得知，初号机中获救的仅得他一人，而他奋力从使徒手中救出的凌波丽并没有在初号机的驾驶舱里，不能接受这一事实的真嗣，更得知他再也不需要驾驶EVA，并被迫戴上炸弹项圈，只要他想离开战舰或登上EVA，美里就会引爆炸弹。...
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标签：福音战士,解析,新世纪
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