拳皇大蛇篇的故事从拳皇95开始，草薙京在本作中终于成为了主角，从此展开了自己升级打怪的路程，同时因为剧情需要，他宿命中的敌人，拳皇系列最具人气的八神庵也打着“寻找草薙京决斗”的旗号参加了比赛，虽然大蛇在本作中根本没有提到，但结尾剧情中卢卡尔爆体而亡已经隐隐透露出相关的消息。
拳皇95和拳皇94的人物并没有什么改变，只是添加了一个小Boss草薙柴舟（总算有了名字，不必要再以草薙京的“父”来打酱油），最终Boss也从卢卡尔变成了“Ω·卢卡尔”。由于本作涉及到了“大蛇之血”，就以和它有关的八神庵来作为故事的视角
在拳皇94比赛结束以后，格斗家们以为卢卡尔已经死亡，没想到在1995年再次收到了署名仍然为“R”的邀请函，难道这次大赛的举办者就是已经在航母爆炸中丧生的卢卡尔？那他又有什么样的阴谋？带着这样的疑问，格斗家们再次来到了比赛场上。
八神庵没有收到邀请函，但这并不是问题，靠着自己的实力，他抢走了美国队的邀请函（悲催的美国队）。正好因为败在坂崎良手里的如月影二和想要为吉斯大人扫清障碍的比利都想参加比赛，于是三人一商量组了个“天敌队”打着比赛的旗号，计划去找草薙京、坂崎良和特瑞的麻烦。没想到一切都很顺利，他们竟然打到了不少对手。
三人一路过关斩将，似乎已经将自己参加比赛的本来目的给忘掉了。在打败所有队伍之后，没想到藏在暗处的瓦斯机关在赛场上喷发，在醒来后（难道格斗家的体质已经可以无视瓦斯）见到了本次比赛的幕后黑手，卢卡尔果然没有死，这次的最终Boss仍然是他。（不趁着胜者昏迷时下手，多么绅士）
原来卢卡尔总算是明白了独木难支的道理，人家都是三人组队，自己单打独斗，这不公平，他计划招揽八神庵等人作为自己的手下，一同实现征服世界的梦想。不过八神庵和如月影二可不是甘于受人摆布的人物，而比利已经有了他的吉斯SAMA，所以这次面试注定是失败的。
恼羞成怒的卢卡尔放出了被控制思想的草薙柴舟（大叔你在搞什么？拳皇94差点被人家打死，拳皇95还敢来送？），八神庵一看原来是自己“宿敌”的父亲，又是一顿唇枪舌剑。坐山观虎斗的卢卡尔对于这样的遭遇非常感兴趣，自负的他可不知道八神庵将来是要封神的男人。
草薙柴舟没有疑问的再次被打败。卢卡尔亲自上场，和八神庵的队伍大战一场，结果不分胜负，这时候他终于使用了自己隐藏最深的秘密，“大蛇之血”的力量，不过这次他没想到遇到了一个识货的，八神庵用一脸嘲讽的表情告诉他“大蛇之血的力量如果不是继承于大蛇，凡人是根本无法承受的。”
卢卡尔本来是个武术天才，当他得知有种叫做“大蛇之血”的东西可以让他再次升级，利欲熏心的他找上了当时只有18岁的高尼兹，没想到被人家一只手一招就打败，同时还失去了一只眼睛（苍天饶过谁？哈迪伦估计要笑翻了。）但高尼兹想要看看“大蛇之血”在凡人身上有什么样的效果，于是不但没有杀掉卢卡尔，还赐给他一滴“大蛇之血”。对战的结果和八神庵说的一样，卢卡尔果然受不了“大蛇之血”的力量，自爆而亡，就算是死前还来了一句“如果世界需要我，我还会复活的。”不过这次他可是真的死了。
卢卡尔死后，如月影二和比利都为八神庵所拥有的力量而惊叹，没想到友谊的小船说翻就翻，八神庵可不觉得这两位是自己的好队友，马上翻脸不认人，一顿乱削把两人打成重伤，顺便给自己弄了两个仇人（感谢八神庵吧，之后的队友可没有这种待遇了）。至于之后该做什么，当然是继续去寻找自己的真爱……不是，是宿命中的敌人草薙京了。
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