在木屋里醒来，剧情之后游戏正式开始。在小木屋西侧闪光的柴堆捡到树棍，在井边的盆里得到臭袜子，在晾衣杆处得到怪蜀黍套装，在东边的灌木前闪光处得到刺猬。地上的苹果和石头都可以捡。
此外要说一下，完美结局的进入条件是和85%以上的NPC（不含部分主线NPC）对过话，所以最好从一开始就尽量多和所有NPC对话，很多奖励也是只有靠着和NPC对话才能取得的。
进入下一个场景后是自动来自剧情，剧情结束以后在四叶离开的地方捡到萌猫玩偶。闪光的四叶草可以捡。
在树林360问答入口处和蓝猫说话学会新技能。和白猫以及树林里最大的那差朵花说话分别触发两个支线任务，前者的奖励是后面会用到的事件物品，后者的奖励是买不到的特殊战斗物品。大树下的龙猫运日印感可以免费恢复HP和RP，旁边的地上能捡到鸟窝有。西边和南边各有宝箱一个。
*在所有能遇到敌人的野外场合都有一定概率遇到萌菌，萌菌的经验值和金钱都是普通敌人的2.5倍左右，但回避率远呼很高且会逃跑，用伤害型战斗物品丢它们是比较稳妥的方法，当然后期会群攻的同伴多了直接放群攻也可以。
离开树林后进入另一片草属可地，和羊群说话。和其中三只羊说话时会出现选项仅九较，选不选让它们生气的选育蒸粮项决定了主角在离开桃源时会和哪几只羊展开BOSS战（0～3只）。与另一只羊对话可以获得教训。草地上有一个宝箱。
再往北走，来到教堂前面，与天道茜对话并进行选择（其中一个选择可以导获得教训）后才能进入教堂。教堂外有一个宝箱，与教堂门外的太公望对话选择交换可以得到新武器。在教堂里与花本叶久美对话接到一个支线任务，与续气静槇村香对话得到大锤，与钢琴前的构友受木高少年对话得到录音带（战斗用非消耗性物品，在前期的杂兵战和需要自杀的场合很有用），在旁边的地上捡到耳塞，触碰燃烧的蜡烛获得教训，在教堂东侧一苗经宽投听个小房间的柜子里有教堂记录和一些物品。再与毫乡款片毛验刑孩神坛前的神父或新人对话后离开教阿堂，发生自动剧情。
现在往北的路可以走了，进入下一个场景之后立刻就是BOSS战（如果之前有惹怒至少一只羊的话。如果和顺则钱木础战反诗创息所有羊对话过且都选了耐立待尔让它们满意的选项则可以直接得到羊毛作为奖励，着省顺虽烈联居苗探越件但不会发生战斗，当然也不伯银再会得到经验值和金钱，所以为了升级考虑还是多惹怒几只为好），请作好准备，新得到的武器记得装备上。如果敌人只有一到两只应该很好打，三只的情况下建议按妩媚——豪气——深沉的顺序一只只打，实在打不过还可以丢大锤，战斗之后桃源篇结束。
【友引篇】
继续北上，会有提示时说再往前走就无法再回到桃源乡了，所以在那之前最好把手头的任务都完成。遇到花太郎，过去说话后花太郎加入队伍。
进入森林，森林里的蘑菇可以采，另外从这里开始的石头不能捡了（因为攻击力太低在以后的战斗中已经派不上实际用场）。河上的桥断了，需要找到木板才能过河，两块木板都在河流沿岸并不难找。在森林西南的帐篷附近触发战斗，战胜之后可以得到奖励。与秋本哲也对话接到支线任务，东北的帐篷里可以捡到臭袜子。森林里共有五个普通宝箱和一个可以得到教训的特殊宝箱。
走出森林进入一小块草地，与树下的小女孩对话获得奖励。继续往前走进入友引镇，往东走出镇后会发现路已经断了，自动剧情后得到提示去友引学园找校长，进入校长办公室后自动触发剧情，得到介绍信去找镇长。进入镇长办公厅与镇长对话后有一场必败的剧情战，战斗后得到通行证可以去镇北的米诺斯迷宫了，但不建议现在就去，因为BOSS战在迷宫里，可以先在镇上逛逛解决支线把能拿的奖励拿到物品也搜罗得差不多了再过去。
友引镇支线：
帮忙传话——在森林里接到，与西南角房屋前的NPC对话完成任务。奖励是学会新技能。
递送请贴——在友引学园校园内接到，收信人分别在森林西南的帐篷前、旅店房后的某木桶、旅店一楼、学园二楼和米诺斯迷宫二层。奖励是金钱和特殊战斗物品。
烹制美味——在旅店一楼厨房接到并完成。奖励是特殊武器和一些物品（视完成的优秀度会有差别）。
逮捕真凶——在东南角三座连在一起的民居左边那幢二楼接到，之后按得到的提示先后去案发现场——镇子东南角的地下室——广场东侧的民居（如果身上没带着小黑会触发一场战斗，带了则不会）——友引学园教师办公室——友引学园女子更衣室即可完成任务并得到经验值奖励。完成任务后再去警署和迁本夏实对话可以得到特殊防具奖励，二楼的NPC也会有新变动。此外在任务未完成期间去侦探事务所与毛利对话可以得到教训。如果不完成任务直接去警署选择认罪也可以结束事件，但会失去身上的全部金钱。
可爱的小东西——在友引学园一楼接到，要找的物品在百货店二楼有1个、在侦探事务所二楼有1个、在一刻馆一楼有2个、在西南角民居二楼有2个、在东南角三座连在一起的民居中间那幢二楼有3个、在广场东侧的民居二楼有3个，以上12个当中找出任意10个即完成任务。奖励是特殊防具。
友引镇其它比较重要的特殊奖励：
镇上——与广场上四只黑猫对话可以带小黑走，选择带夜一走可以得到教训；从咬人猫处可以得到教训；从柴王处可以得到钱包。
旅店——与服务生对话可以花钱回复RP。与修罗对话对方会让你捐钱，不太缺钱就捐吧，以后可以获得好处。去柜台选择住店，交钱拿到钥匙后上楼进房睡觉，夜里醒来后选择到处走走，下到一楼即可自动触发特殊事件，选择录影带之前建议先存个档，另外夜晚二楼的每个房间都有住人，早上下楼后旅店一楼的部分NPC会有更新。
镇长办公厅——与一楼某NPC对话可以学会新技能。
友引学园——与教师办公室的鬼冢英吉对话可以玩小游戏（游戏一开始不要沿着大路走，从右手边的楼间小路绕过去，可以很轻易地避开第一次危险。之后可以一直往东走到东南角的公园再沿大路向北走，终点在东北角的神社。有些要捡的东西位于死角中，直接进去容易可能被围过来的敌人堵死在里面，可以用手头的TAG先让附近的敌人停住，然后趁它们静止不动的期间赶快进去捡好东西再出来。如果手头TAG不够建议就放弃这个目标物不要捡好了，只要不想着把每个见到的目标物都捡到通关会简单很多。另外部分敌人是会追着主角跑的类型，部分则是按固定路线或随机行动的，外表上无法区分，可以观察它们的行动来判断，对于前一类型可以利用地形阻碍甩下它们），奖励是经验值和永久增加少量灵巧值，有次数限制。医务室可以免费回复HP，医务室柜子里有特殊防具。小卖部可以买到一些战斗用食物。校长室二楼柜子里有校长日志。教学楼的教室黑板前可以捡到黑板擦，教室中摆放位置有点特殊的桌椅处可以拿到东西。灵异事件爱好会和音乐室内可以得到教训。
警署——能捡到死亡笔记的纸。
百货店——如果持有羊毛，在二楼和店员对话后可以得到毛线团，在迷宫之类的场合很有用。
一刻馆——第一次离开房屋时会自动触发事件得到教训。
西南角民居——能捡到特殊防具。
东南角三座连在一起的民居右边那幢——二楼闪光处可以触发特殊事件，奖励是可选的，按自己的需要选择吧。
东南角三座连在一起的民居中间那幢——可以得到教训。
广场东侧的民居——可以得到后面会用到的事件物品，如果在这里没拿到，到时就要花钱买了。
另外很多房间的家具里都可以找到物品和金钱，尽量把柜子类的家具都翻翻看吧。所有书柜里都有放书（虽然多数只能看到书的标题而已--）。各家厨房里冒着热气的水壶也是可以捡的。
逛得差不多以后可以往北出镇去迷宫了，路上箱子里可以捡到特殊防具，有NPC在卖美味套餐。这一带有三个宝箱。
迷宫一层：与西北角房间里的人物对话后按指示去做即可上楼。这一层的重要事件：三个箱子的选择，选之前强烈建议先存档；与小精灵对话，同样建议对话前先存档；调查西北角的柜子；东北角宝箱中获得地图；另外这一层可以捡到5个一日元硬币，后面过关时有用。
迷宫二层：北面的一排门里从东数第三个是真正的上楼门。这一层的重要事件：捡到史莱姆；两次进入最东边的门；调查水池；踩西南角的蓝色方形机关获得钥匙，回一层柜子开锁后再调查一次柜子获得木板；捡到3个一日元硬币。
迷宫三层：在解开机关前整层的墙壁和地面都是隐形的，换句话说整个画面全是一片空白，地形可以参看在一楼捡到的旧地图。摸索到地图上标着X的位置之后扳下右侧那个开关，如果实在找不到位置可以使用如下走法：站在从二层刚上来的楼梯口向上走1步（碰到墙走不动）——向左走22步（碰到墙走不动为止）——向下走2步（碰到墙走不动为止）——向右走4步——向下走11步（碰到墙走不动为止）——向右走9步（碰到墙走不动为止）——向上走8步（碰到开关B为止）——出现对话框，选择拉下开关，透明魔法解除。扳下左侧的会导致主角变成隐形人，不过只要离开这一层就会自动解除隐形了。在南侧找到门上楼。这一层的宝箱比较多，其中一个里可以找到特殊防具。
迷宫四层：先收集这一层能捡到的2个一日元硬币，此时应该凑齐10个硬币了，丢到西北角的水池里启动传送阵。然后传送过去继续走，调查石碑前闪光的地面破洞处获得小球（必须持有史莱姆），放进石碑启动传送阵。再往前走是一处断路，用一层获得的木板（如果在友引森林里获得的木板还有剩余也可以用）搭桥通过。存档后上楼即是BOSS战了，美味套餐可以在战斗中使用（此物品只能在用在这场战斗以及后面的少数几场战斗中，对其他敌人无效，建议在这里用掉）。战胜后离开迷宫。
*水壶里的水在上路去江户之后会冷掉，因此伤害力也会降低，所以有需要用的场合还是在这里用掉比较划算……
回去找镇长交差后提示路已经修好，如果该完成的都完成了该逛的都逛够了就可以继续上路去江户城了。
【江户篇】
沿着山道往前走，路上有两个山洞，里面各有一个宝箱，其中一个的二层还可以学会新技能。山道户外还有三个宝箱，路上的毛栗子也可以捡。与皇昴流对话可获得教训。
从皇昴流所在的那张地图上继续往东南走进入江户护城河前发生自动剧情，会有一场战斗，所以进去之前可以先存个档整顿一下什么的。剧情过后桂加入队伍。与定春对话可获得教训。在护城河桥上的弁庆处可以用超低的价钱买到武士刀，买来以后再去城里的商店卖掉可以赚一些差价，最多可买999把。之后就可以进入江户城了。
进城之后去工会继续主线，然后先在工会接任务做。
江户城支线：
开导章鱼——在工会接到，按说明写的到达指定地点后按旁边告示牌上说的去做即可完成任务。奖励是金钱和特殊防具。
寻找宠物——在工会接到，按说明写的去找就行了，找到后会发生一场战斗，战胜即可完成任务。奖励是金钱。
爱之秘药——在工会接到，然后去酒店和谜之少女对话要求配药，如果之前在桃源没有拿到梦幻银水晶要多付一笔钱给她。奖励是金钱。此外与谜之少女的对话中还可以学会新技能以及得到升级书奖励。
*升级书在游戏里一共可以拿到4本，尽量等到后期再使用比较划算，推荐在打贪婪BOSS之前使用，或者最早也要等到仙太郎入队后再用，否则挺浪费的。
美男子猎捕——在工会接到，然后去城内城外和所有男性（包括疑似雄性的动物。注意不要漏掉山道、港口、废墟等城外NPC）对话选择询问征婚事宜，再回来放弃任务即可得到奖励。奖励是教训和特殊防具。
小猪寻主——在江户城西面入口附近捡到小猪后接到，分别去找城西南边的志波岩鹫、新选组里的冲田总司、酒店里的静音对话后去万事屋完成任务。最后会触发一场战斗，敌人进入沉重状态后的下一回合必使用强力群攻技能，所以一看到他进入这种状态就立刻选择防御是比较安全的做法。另外每次用过此技能后敌人都会进入持续一回合的放松状态（防御大幅降低），可以趁这个时候多打几下。战胜后可以得到特殊防具作为奖励。
寻找旧书——在京极堂接到，要找的三本书分别在山道山洞、真选组刑讯室和港务局阁楼。奖励是特殊防具。
顽皮的小孩——在源外庵接到，然后去城中心的小广场附近找山椒，他逃跑后再去城西北一带找一次即可抓到他送回去。奖励是特殊防具。
江户城及周边其它比较重要的特殊奖励：
城内——与新选组和真选组院子里的两个NPC对话分别可以得到特殊防具与新技能，与道场院子里的NPC对话两次可以获得永久性数值提升及教训奖励。神社门前的巫女处可以花钱抽签，视抽签结果有可能获得最大RP增加20点的奖励，有次数限制。广场上的店铺可以购买战斗用食物。所有信乐烧的狸（酒店附近放的那个胖胖的陶像）都是可以捡的。
废墟——地下有两个宝箱。
东海岸——与海滩上的NPC对话可以获得教训。
工会——调查壁炉闪光处可以获得教训。
综合商店——二楼能捡到特殊武器。一楼可以找剑心反复练习战斗，不过并没有特别的奖励，所以打一两场练练手也就够了。
诊所——花少量钱回复HP。
酒店——在柜台喝酒可以回复RP及获得教训。找纲手玩赌博可以赢取金钱，直到把她腰包里的全部钱赢光为止（和玩的次数无关，主角输了钱的话钱会自动进入纲手腰包，且主角赢的概率是大于输的概率的，所以即使输了也没必要读档）。找乌索普对话并按他说的去做可以获得教训。
真选组——能捡到特殊防具，以及查看真选组日志。
道场——第一次进去时会发生战斗，如果获胜可以得到特殊武器作为奖励。战斗时注意及时补血以及对方给自己加的特殊状态即可，可以考虑用照片解除那些特殊状态。
东南角民居——可以玩下棋的小游戏，有次数限制。其实由于AI所限，这盘棋是有一个9步必赢的走法的……-____-
神社——能得到教训及特殊防具。
和友引一样，房间的家具和箱子之类的场所还是可以找到物品和金钱，以后到的地方也是同样道理，不再特意提及了。
支线完成后继续主线，进入下水道后被告知不能通行，回山道找那棵明显比其它树高大很多的大树，碰触树干后自动发生剧情，解决后回下水道往深处走。下水道内有两个好捡的宝箱，还有一个水下宝箱要在东南角拿到铁钩后跳上东北角漂浮在水上的木板才能拿到。来到东南角的铁门前进门就是BOSS战了。战斗前最好给花太郎或者桂戴上玉饰来预防不良状态，之后是要用群体攻击还是逐个解决就看主角们此时的等级高低了，如果觉得太难可以丢点臭袜子来控制部分敌人的行动，或者练到19级等花太郎学会群体治疗之后再来打都会比较简单。更详细的打法可参考攻略最下面的“较难的战斗详细通关方法之一”。
战斗胜利后被送到港口，此时港口城墙上多了一个暗道口，可以通过它回刚才的BOSS战房间看看，能捡到一些物品。之后再回港口和划船的NPC对话就可以离开江户了。
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