类通过把目标数据放入少数相对同源的组或“类”（cluster）里。分析表达数据，（1）通过一系列的检测将待测的一组基因的变后异标准化，然后成对比较线性协方差。（2）通过把用最紧密关联的谱来放基因进行样本聚类，例如用简单的层级聚类（hierarchicalclustering）方法。这种聚类亦可扩展到每个实验样本，利用一组基因总的线性相关进行聚类。（3）多维等级分析（mult断idimensionalscalinganalysis,MDS）是一种在二维Euclidean“距离革守盐车”中显示实验样本相关的大约程度。（4）K-means方法聚类，通过重复再分配类成员来使“类”内分散度最小化的方法。 聚类方法有两个显著的局限：首先，要聚类结果要明确就需分离度落督白兴委光序道复尽很好（well-separated）的数据。几乎所有现存的算法都是从互相区别的不重叠的类数据中产生同样的聚类。但是，如果类是扩散且互相渗透，那么每种算法的的结果将有点不同。结果，每种算法界定的边界不清，每种聚类算法得到各自的最适结果，每个深么地数据部分将产生单一的信息。为解释因不同算法使同样数据产生不同结果，必须注意判断不同的方式。对遗传学家来说，正确解释来自任一算法的聚类内容圆煤路复黑伤值的实际结果是困难的（前特别是边界）。最终，将需要经验可信度通过序列比较来指理相误限氢香收冲导聚类解释。 第二个劳局限由线性相关产生。上述的所有聚类方法分析的仅是简单的一对一的关系。因为只是成对的线性比较，大副具据会秋攻至附很补大减少发现表达类型关系的计算量，但忽视了生物系统多因素和非线性的特点。 从统计学的观点看，聚类分析是通过数据建模简化数牛轴密叫序财打南这据的一种方法。传统的统计聚类分析方法包括系统聚类法、分解法、加入法、动态聚类法、有序样品聚类、有重叠聚类和模糊聚类等。采用k-均值、k-中心点等算法的聚类分析工具已被加入到许多著名的统计分析软件包中，如SPSS、SAS等。 从机器学习的角度讲，簇相当于隐藏模式。聚类是搜植五索簇的无监督学习过程。与分类不同，无监督学习不依赖预先定义的类或带类标记的训练实例，需要由聚类学习算法自动确定标记，而分类学习的实例或数据对象有类别标记。聚类是观察式学习，而不是示例式的学习。 从实际应用的角度看，聚类分析是数据挖掘的主要任务之一。就数据挖掘功能而言药雷季听型顶去了传物，聚类能够作为一个独立孙特试支周困和的工具获得数据的分布状况，观察每一簇数据的特征，集中对特定的聚簇集合作进一步地分析。 聚类分析还可以作为其他数据挖掘任务（如分类、关联规则）的预处理步骤。 数据挖掘领域主要研究面向大型数据库、数据仓库的高效实用的聚类分析算法。 聚类分析是数据挖掘中的一个很活跃的研究领域，并提出了许多聚类算法。 这些算法可以被分为划分方法、层次方法、基于密度方法、基于网格方法和 基于模型方法。 1划分方法(PAM:财么晶似片一PArtitioningmethod)首先创建k个划分，k为要创建的划分个数；然后利用一个循环 定位技术通过将对象从一个划分移到另一个划分来帮助改善划分质量。典型的划分方法包括： k-means,k-medoids,CLARA(ClusteringLARgeApplication), CLARANS(ClusteringLargeApplicationbaseduponRANdomizedSearch). FCM 2层次方法(hierarchicalmethod)创建一个层次以分解给定的数据集。该方法可以分为自上 而下（分解）和自下而上（合并）两种操作方式。为弥补分解与合并的不足，层次合 并经常要与其它聚类方法相结合，如循环定位。典型的这类方法包括： 第一个是;BIRCH(BalancedIterativeReducingandClusteringusingHierarchies)方法，它首先利用树的结构对对象集进行划分；然后再利 用其它聚类方法对这些聚类进行优化。 第二个是CURE(ClusteringUsingREprisentatives)方法，它利用固定数目代表对象来表示相应聚类；然后对各聚类按照指定 量（向聚类中心）进行收缩。 第三个是ROCK方法，它利用聚类间的连接进行聚类合并。 最后一个CHEMALOEN，它则是在层次聚类时构造动态模型。 3基于密度方法，根据密度完成对象的聚类。它根据对象周围的密度（如 DBSCAN）不断增长聚类。典型的基于密度方法包括： DBSCAN(Densit-basedSpatialClusteringofApplicationwithNoise):该算法通过不断生长足够高密 度区域来进行聚类；它能从含有噪声的空间数据库中发现任意形状的聚类。此方法将一个聚类定义 为一组“密度连接”的点集。 OPTICS(OrderingPointsToIdentifytheClusteringStructure):并不明确产生一 个聚类，而是为自动交互的聚类分析计算出一个增强聚类顺序。。 4基于网格方法，首先将对象空间划分为有限个单元以构成网格结构；然后利 用网格结构完成聚类。 STING(STatisticalINformationGrid)就是一个利用网格单元保存的统计信息进行基 于网格聚类的方法。 CLIQUE(ClusteringInQUEst)和Wave-Cluster则是一个将基于网格与基于密度相结合的方 法。 5基于模型方法，它假设每个聚类的模型并发现适合相应模型的数据。典型的 基于模型方法包括： 统计方法COBWEB:是一个常用的且简单的增量式概念聚类方法。它的输入对象是采 用符号量（属性-值）对来加以描述的。采用分类树的形式来创建 一个层次聚类。 CLASSIT是COBWEB的另一个版本.。它可以对连续取值属性进行增量式聚 类。它为每个结点中的每个属性保存相应的连续正态分布（均值与方差）；并利 用一个改进的分类能力描述方法，即不象COBWEB那样计算离散属性（取值） 和而是对连续属性求积分。但是CLASSIT方法也存在与COBWEB类似的问题。 因此它们都不适合对大数据库进行聚类处理.
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