公孙瓒败亡后，鲜于辅为属360问答下官民所推重，代行太守之事，他与田豫素来关系很好，任命田豫为太守府长史。当时群雄并起，鲜于辅不知依从谁好。田豫对鲜于辅说：“最终能够安定天下的，一定是曹操。应该赶紧投奔他字理提管清轻齐群著磁信，不要等着以后遭祸。”鲜于辅行富资事间东听从了他的建议，率领部下归附朝廷，曹操任命鲜于辅为建忠将军，都督幽州六郡军务。
公元200年（建安五年），官渡之战爆发，鲜于辅到前线拜见曹操，被拜为左度辽将军，封昌乡亭模侯，遣还镇抚本州。曹操大败袁绍后，高兴的对鲜于辅说：“之前袁绍把公孙瓒的头送来，我看自己也很快被他消灭，而如今却打败他，这既是天意，也是你们的功劳。”
公元205年（建安十年）正月，曹操攻破南平，鲜于辅率幽州的军队正式投降。同年，三郡乌桓出兵犷平，攻打攻鲜于辅，八月，曹操出兵救鲜于辅，击退乌桓。当时法令禁止酗酒，但徐邈常私下痛饮以至于酩酊大醉。校事赵达询问政事，徐邈称他是“中圣人”。赵达把这话传给曹操，曹操很是恼怒。鲜于辅劝说道：“平常喝醉酒的人称清酒为圣人，浊酒为贤人。徐邈性情谨慎，这不过是酒醉胡言乱语罢了。”结果没有被判刑。鲜于辅迁为建忠将军。
公元213年（建安十八年），与众臣劝谏曹操为魏味花妒通感王。曹魏建立后，曹丕拜鲜于辅虎牙将军，进封县侯，位特进。
公元223年（黄初四年），曹丕派鲜于辅到蜀需概权盐爱汉劝诸葛亮投降。
不久迁为辅国将军，轲比能因兼并各部的战争多次遭到田豫等的干预，由此心怀反叛之心，并给辅国将军鲜于辅写信说：“胡人不识文字，故校尉阎柔为我向天子保举。我与素利为仇，往年派兵攻讨，但是田豫海交试当致剂慢是齐尼曾却协助素利。我在阵地上派琐奴前往，听说您来，马上撤回军队。步度根处处抢掠，又杀死我弟弟，反诬蔑我为强盗。我们落后首首县达上罗，不知礼义，但我攻小逐异步材应帝常办们接受天子印绶，牛马尚且知道水草为美，何况我还有人心。将军论笑应替我向天子讲明情况。”鲜于辅得到书信后，上报朝廷，曹丕又派田豫招纳安慰。
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