引起甲胎蛋白升高的原因主要包括肿瘤、炎症、某些先天性因素，或者原因不明所致。甲胎蛋白是目前临床上一种重要的肿瘤标志物检查，包括慢性肝炎、肝硬化，或者长期饮酒的人群，建议定期进行甲胎蛋白检测，以早期发现患肝癌的可能。
甲胎蛋白在原发性肝癌的诊断中具有重要意义，如果甲胎蛋白超过400ng/mL，影像学发现典型的肝癌表现，即可以临床确诊肝癌，如果甲胎蛋白达不到400ng/mL，但是呈现进行性升高或者持续时间较长，影像学发现肝脏占位，也高度怀疑肝癌的可能。
但是慢性肝炎、肝硬化、某些女性妇科疾病等，或者是生殖系统的疾病也会引起甲胎蛋白的异常升高。
有的人在查体时发现甲胎蛋白轻度升高，而没有影像学特异性的发现，这种情况则难以用肿瘤或者炎症来进行解释，通常建议定期检查就可以。
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